Pierwszy punkt wycieczki to archikatedra św. Jana na Starym Mieście przy ul. Świętojańskiej 8. Tu, w lewej nawie, znajduje się wejście do chyba najsłynniejszych kościelnych podziemi w Warszawie. W ciągu wieków stały się one wielowarstwowym cmentarzyskiem, gdzie nad trumnami wczesnej epoki piastowskiej składano ludzi zmarłych w późniejszych stuleciach. Z czasem krypty łączono ze sobą lub zamurowywano. Spoczywają tu prochy znamienitych ludzi polskiej historii: m.in. króla Stanisława Augusta Poniatowskiego, prezydenta Gabriela Narutowicza, pisarza Henryka Sienkiewicza, muzyka i męża stanu Ignacego Jana Paderewskiego. Są też grobowce arcybiskupów warszawskich.
Tuż obok katedry wznosi się jezuicki kościół Matki Bożej Łaskawej (ul. Świętojańska 10). Istniejące tam gotyckie podziemia są świadectwem średniowiecznej architektury mieszczańskiej. Właściciele kamienic, przeważnie kupcy, pod swoimi domami robili głębokie wykopy, tworząc wielopoziomowe, podziemne magazyny. Kościół jezuitów stanął na miejscu dawnych kamienic. Dziś górna część podziemi jest pięknie wyremontowana. Znajdują się tam m.in. grobowce jezuitów.
Kolejny punkt naszego spaceru to kościół dominikanów przy ul. Freta 10. Zaraz przy wejściu do tej świątyni, w lewej nawie, jest przepiękna, barokowa kaplica Kotowskich. To jedno z nielicznych ocalałych dzieł wybitnego architekta Tylmana z Gameren. Pod kaplicą znajduje się krypta grobowa, a w niej, doskonale widoczne przez kratę, dwa sarkofagi z czarnego marmuru. Spoczywają tam prochy Adama i Małgorzaty Kotowskich.

Krypta mniszek

Od dominikanów nasza trasa prowadzi na Rynek Nowego Miasta. Piękny kościół św. Kazimierza sióstr benedyktynek sakramentek, miejsce nieustającej adoracji Najświętszego Sakramentu, skrywa niejedną tajemnicę. Podziemia świątyni są świadkiem dramatycznych wydarzeń, które rozegrały się tam podczas Powstania Warszawskiego. W piwnicach przed bombardowaniami chroniły się siostry oraz ludność cywilna. 31 sierpnia w trakcie straszliwego bombardowania pod gruzami kościoła zginęło 36 mniszek, 4 księży i ok. 1000 osób z ludności cywilnej. Mniszki pochowane są w krypcie kościoła. Schodzi się tam przejściem ukrytym w podłodze świątyni. Benedyktynki mają własne zejście do podziemi, z terenu klauzury, i zza krat mogą modlić się przed grobem swoich współsióstr. 30 sierpnia 2008 r. przy podziemnym grobie mniszek złożył kwiaty prezydent Polski Lech Kaczyński.
Teraz jedziemy aż na Bielany, żeby zobaczyć kościół pokamedulski przy ul. Dewajtis. Kameduli to najsurowszy zakon męski w Polsce. Na warszawskich Bielanach żyli do 1902 r. Pozostały po nich pustelnicze domki (każdy zakonnik miał swój) oraz piękny kościół. Jego podziemia to dziś miejsce imprez kulturalnych, wystaw, koncertów. Ale są tam też pochowani kameduli. A byli oni chowani w ten sam, charakterystyczny sposób. Ich ciała wsuwano po prostu w wykonane w murze wnęki, które następnie były zasłaniane tablicami z imieniem brata i datą śmierci.
Nasza trasa prowadzi teraz na Mokotów, do sanktuarium św. Andrzeja Boboli przy ul. Rakowieckiej. Tam, w srebrnej trumnie pod ołtarzem spoczywa ciało tego świętego jezuity, męczennika, patrona Polski. Został on okrutnie zamordowany przez Kozaków w 1657 r. Co ciekawe, w 1702 r. ukazał się rektorowi kolegium w Pińsku i polecił odnaleźć swoją trumnę. Wtedy ze zdumieniem stwierdzono, że jego ciało zachowało się w doskonałym stanie.
W przylegającym do kościoła domu zakonnym warto odwiedzić kryptę jezuickich męczenników. W drugim dniu Powstania Warszawskiego Niemcy wtargnęli do klasztoru i zamordowali ukrytych w jednym z pomieszczeń w suterenie 15 jezuitów oraz ponad 20 osób świeckich. Pomordowanych pochowano pod posadzką, a pomieszczenie zamieniono na kaplicę.
Kolejne ciekawe podziemia spotykamy w kościele św. Anny w Wilanowie. Murowana świątynia powstała tam w 1772 r., a w latach 1857-70 przebudowano ją. Między innymi do nawy głównej dobudowano prezbiterium oraz dwie kaplice: Najświętszej Maryi Panny oraz św. Anny. W kaplicy Potockich umieszczono natomiast obraz Matki Bożej Łaskawej. Tu znajdują się sarkofagi i epitafia właścicieli Wilanowa, a ich groby są w krypcie pod kaplicą. Leży tam m.in. Stanisław Kostka Potocki, polityk i pisarz, oraz Adam Branicki, ostatni właściciel Wilanowa.

Chusta Ojca Świętego

Z kościoła św. Anny już blisko do powstającej Świątyni Opatrzności Bożej. Jest już gotowa jej dolna część. Znajduje się w niej symboliczny grób Jana Pawła II. Jest on wierną repliką grobu w Grotach Watykańskich, gdzie spoczywa Papież Polak. Do grobu, podczas jego budowy, została złożona biała chusta, którą 2 kwietnia 2005 r., w dniu śmierci, ocierano twarz Ojca Świętego. Relikwię podarowaną w Watykanie przywiózł do Polski Prymas Polski kard. Józef Glemp. W świątyni spoczywają również zasłużeni kapłani - ks. Jan Twardowski i ks. Zdzisław Peszkowski.
Wracając do centrum Warszawy, zatrzymujemy się jeszcze na Czerniakowie. Oglądamy bernardyński kościół św. Antoniego przy ul. Czerniakowskiej 2/4. To jedna z najpiękniejszych świątyń Warszawy, dzieło Tylmana z Gameren. Pomyślana jako mauzoleum rodowe Lubomirskich. Pod ołtarzem głównym, stojącym pośrodku prezbiterium, urządzono relikwiarz św. Bonifacego Męczennika. Jego relikwie otrzymał Lubomirski w 1693 r. od papieża Innocentego XII.