Najstarsze, pierwotnie pochowane w krypcie kości mnichów złożono we wspólnym grobie w 1836 roku. Później spoczęli tam m.in. generałowie Zakonu, jak o. Pius Przeździecki - nieugięty wobec władz carskich czy o. Alojzy Wrzalik, niezłomny bohater czasów komunistycznych a także przeorzy np. o. Raczyński - odważny obrońca Jasnej Góry w okresie stalinizmu, o. Polikarp Rawicki, ratujący w czasie II wojny Żydów.

- To miejsce modlitwy, ale i karta polskiej historii - zauważa o. Sebastian Matecki, rzecznik Jasnej Góry. - Krypta prawdopodobnie pochodząca już z XV wieku, ulegająca później pewnym modyfikacjom, to miejsce, w którym chowano paulinów służących na Jasnej Górze. Miejsce bardzo ciekawe wizualnie, bardzo mocno przemawiające - twierdzi paulin. Podkreśla, że jest „to wyraz pamięci, która nie powinna zginąć, bo jest ona dla nas przedłużeniem naszego życia, to są nasze korzenie”.

Jedyne udostępnione pielgrzymom katakumby w Kaplicy Matki Bożej otwarte będą do końca listopada.

W podziemiach Kaplicy Matki Bożej pochowany był bohaterski przeor Jasnej Góry z czasów oblężenia szwedzkiego w XVII w. o. Augustyn Kordecki. 24 marca 1673 r. paulini odprawili nabożeństwo żałobne, a doczesne szczątki swego przeora złożyli pod ołtarzem Matki Bożej. W 1973 r. z okazji 300. rocznicy śmierci o. Kordeckiego wystawiono urnę z jego prochami. Znalazła ona swe stałe miejsce w zaszklonej niszy lewej ściany Kaplicy Matki Bożej.

Na tzw. jasnogórską nekropolię składają się ponadto podziemia w prezbiterium bazyliki, gdzie odkryto rzadko spotykane w Polsce tzw. dłubanki czyli trumny wydrążone w pniu drzewa, kaplice nagrobne w bocznych nawach dużego kościoła oraz Kaplica Pamięci Narodu.

Już w 1466 r., jak wynika z dokumentu odpustowego dla Jasnej Góry, na terenie dzisiejszego sanktuarium istniał cmentarz, gdzie pielgrzymi modlili się za zmarłych. W średniowieczu klasztory miały prawo grzebania zwłok swych dobrodziejów i konfratrów. Teren dzisiejszych krużganków tzw. Wieczernika, to przestrzeń byłego przykościelnego cmentarza.

Sława Jasnej Góry była powodem, że wielu wybitnych dostojników świeckich i kościelnych pragnęło spocząć na tym świętym miejscu. Przedmiotem zabiegów licznych dobrodziejów klasztoru było także uzyskanie zgody klasztoru na budowę własnych krypt grobowych w kościele, a przede wszystkim w Kaplicy Cudownego Obrazu.

W Kaplicy znajduje się kilka XVII-wiecznych epitafiów i nagrobków, a także i krypty, które kryją szczątki dobrodziejów sanktuariów, m.in. Heleny z książąt Wiśniowieckich Warszyckiej - kasztelanowej krakowskiej, Stanisława Warszyckiego, wojewody mazowieckiego i kasztelana krakowskiego; ks. Stanisława Krajewskiego, kustosza katedry łowickiej; Jana Klemensa Branickiego, podkomorzego krakowskiego, starosty bocheńskiego i wielickiego. Znaleźli tu również miejsce ostatniego spoczynku członkowie takich rodzin jak m.in.: Męcińscy, Żabiccy oraz Zygmunt Grudziński i Jan Branicki.

Do bazyliki jasnogórskiej przylegają dwie reprezentacyjne, prywatne kaplice grobowe: Jabłonowskich i Denhoffów.

Wejście do kaplicy Denhoffów prowadzi z prawej bocznej nawy bazyliki. Nazywana Kaplicą św. Pawła Pustelnika jest udostępniona dla pielgrzymów i zwiedzających. Tu trwa teraz adoracja Najświętszego Sakramentu a w styczniu odprawiane są modlitwy ku czci Patrona Zakonu, Pawła z Teb. Jest ona też tradycyjnym miejscem przedpogrzebowym wystawienia ciał zmarłych paulinów. Pod kaplicą mieści się krypta grobowa z zachowanymi ok. 20. trumnami członków rodziny Denhoffów oraz kilku zakonników paulińskich z XVII i XVIII w.

Od 1968 r. zmarli ojcowie i bracia paulini chowani są na miejskim cmentarzu św. Rocha w Częstochowie. W pierwszym grobowcu z wizerunkiem Maryi Jasnogórskiej spoczywa, m.in. o. Wawrzyniec Kościelecki – wieloletni opiekun chórów jasnogórskich, dyrygent i organizator śpiewów liturgicznych. W drugim grobowcu, nad którym góruje figura Chrystusa Zmartwychwstałego, spoczywa, m.in. o. Rufin Abramek - przeor Jasnej Góry i założyciel miesięcznika „Jasna Góra”, o. Teofil Krauze, przeor Jasnej Góry w okresie Millenium, o. Paweł Kosiak, wybitny mariolog i kaznodzieja, o. Honorat Marcinkiewicz - wieloletni jasnogórski archiwista.