Przez pierwsze miesiące 1984 r. wzywano go przynajmniej kilkanaście razy na przesłuchania. W końcu, 12 lipca przedstawiono mu wielostronicowy akt oskarżenia. Padły zarzuty: o przechowywanie broni oraz ulotek odnalezionych w mieszkaniu podczas rewizji. Jest o tym mowa w kilkunastostronicowym uzasadnieniu aktu oskarżenia. Prokurator Anna Jackowska zarzucała: wystąpienia księdza „posiadające jednoznaczną wymowę antypaństwową”.
Teraz ks. Jerzy czekał na proces sądowy, który mógł się odbyć w każdej chwili. Nie znał terminu rozprawy. Co więcej - nie wiedział, czy w ogóle się ona odbędzie, gdyż na 40-lecie PRL ogłoszono amnestię dla więźniów politycznych. Nie było wiadomo, czy obejmie ona księdza. Trzymano go w niepewności.
Wiadomość o ewentualnym procesie i zarzutach rozchodziła się błyskawicznie. Ich treść docierała do najdalszych zakątków Polski. Toteż proboszcz ks. Teofil Bogucki postanowił publicznie wziąć ks. Jerzego w obronę. Uczynił to na Mszy za Ojczyznę 29 lipca 1984 r. Kiedy na placu zapadła absolutna cisza, podszedł do mikrofonu i majestatycznym głosem przemówił: - Uważam za swój pasterski obowiązek na tle fałszywych sądów i niesprawiedliwych wyroków, w świetle wypowiedzianych myśli, ukazać jasną postać ks. Jerzego, którego zaliczam w poczet najlepszych kapłanów, gorliwych i pełnych Ducha Bożego, i do najwspanialszych Polaków, szlachetnych i oddanych sercem Ojczyźnie. Wszyscy zaświadczyć mogą, że nikogo nie nawoływał do nienawiści i zemsty, ale zachęcał do miłości i przebaczenia. Nie podniecał, ale uciszał wzburzone serca.
Ksiądz Jerzy siedział wtedy na krześle tuż przy ołtarzu i - chyba po raz pierwszy publicznie - zasłaniając twarz ręką, płakał.
Zaczęła się ostra nagonka prasowa na ks. Jerzego. Zapoczątkowały ją nie polskie gazety, tylko radzieckie „Izwiestia”. W numerze z 12 września w artykule „Urok nie wprok” L. Toporkow napisał: „Wojowniczy i wojujący ks. Popiełuszko przekształcił swoje mieszkanie w składnicę literatury nielegalnej i ściśle współpracuje z zaciekłymi kontrrewolucjonistami. Ma się wrażenie, że nie czyta z ambony kazań, lecz ulotki napisane przez Bujaka. Zieje z nich nienawiść do socjalizmu”.
Po tym artykule ks. Jerzy czuł się zdruzgotany wewnętrznie. - Nie dlatego, że oskarżenie dotyczyło jego, ale przede wszystkim dlatego, że nie znosił kłamstwa. Bolało go także, że jego pracy chce się nadać wymiar polityczny - mówi Wojciech Bąkowski.
17 września Urząd ds. Wyznań wystosował kolejne, najostrzejsze chyba pismo do Episkopatu. Jego treść zapowiadała otwartą walkę z Kościołem. Grożono, że dalsze tolerowanie przez biskupów wystąpień niektórych duchownych „będzie musiało kłaść się głębokim cieniem na stosunkach między Państwem i Kościołem. Zmusi również władze do podjęcia stosownych działań”. Wymienione też zostało nazwisko ks. Popiełuszki, który przyczynił się do utworzenia „nielegalnej, sprzecznej z prawem PRL i prawem kanonicznym kontrrewolucyjnej organizacji duchownych i świeckich o ogólnokrajowym zasięgu”. Po tym wszystkim ks. Jerzy jeszcze częściej powtarzał gorzko: „Oni mnie załatwią” albo „Nie mam przed sobą długiego życia”.
19 września 1984 r., miesiąc przed porwaniem ks. Popiełuszki, Jerzy Urban pod pseudonimem Jan Rem opublikował w prasie kolejny paszkwil. Tym razem w tygodniku „Tu i teraz”, pt. „Seanse nienawiści”. Napisał, że „w inteligenckiej części Żoliborza stoi kościół ks. Jerzego Popiełuszki - obok św. Brygidy w Gdańsku najbardziej renomowany klub polityczny w Polsce”. Samego ks. Jerzego przedstawił jako „mówcę ubranego w liturgiczne szaty”, który „nie mówi niczego, co byłoby nowe lub ciekawe dla kogokolwiek. Urok wieców, jakie urządza, jest całkiem odmiennej natury. Zaspokaja on czysto emocjonalne potrzeby swoich słuchaczy i wyznawców politycznych. W kościele ks. Popiełuszki urządzane są seanse nienawiści. Mówca rzuca nie tylko kilka zdań wyzbytych sensu perswazyjnego oraz wartości informacyjnej. On wyłącznie steruje zbiorowymi emocjami”.
Na trzy tygodnie przed porwaniem ks. Popiełuszko zaczął otrzymywać jeszcze więcej anonimów z pogróżkami: „Będziesz wisiał na krzyżu”, „Zostaniesz bohaterem narodowym numer dwa - po Przemyku”.
Ksiądz Jerzy tłumaczył: Jestem przekonany, że to, co robię, jest słuszne. I dlatego jestem gotowy na wszystko.