Dnia 16 kwietnia 1977 r. pierwszy pasterz w dziejach diecezji koszalińsko-kołobrzeskiej bp Ignacy Jeż erygował w Słupsku w dzielnicy Zatorze nową parafię pw. bł. Maksymiliana Marii Kolbego (świętym został ogłoszony w 1982 r. przez Jana Pana II). Dla bp. Ignacego Jeża, byłego więźnia obozu zagłady w Dachau, o. Maksymilian był szczególnie bliski. Budowa na ziemiach północnych pierwszej nowej świątyni, właśnie pod tym wezwaniem, była także nawiązaniem do faktu, iż na mocy dekretu prymasa Tysiąclecia kard. Stefana Wyszyńskiego z 15 września 1972 r., wydanego po ustanowieniu przez papieża Pawła VI na ziemiach zachodnich i północnych nowej diecezji koszalińsko-kołobrzeskiej, jej patronami zostali św. Wojciech BM oraz bł. Maksymilian Maria Kolbe.
Parafia bł. Maksymiliana Marii Kolbego została wydzielona z parafii Świętej Rodziny i św. Judy Tadeusza. Nową słupską parafię utworzono dla obsłużenia wiernych nowo powstałej dużej dzielnicy mieszkaniowej „Na Zatorzu”. Starania o budowę nowego kościoła w grodzie nad Słupią ciągnęły się przez kilka lat. Ówczesne słupskie władze stwarzały wielkie trudności. Pierwszy w historii parafii jej proboszcz ks. prał. Julian Mizera, starając się o działkę pod budowę nowej świątyni, był z wizytą w słupskim ratuszu ponad 250 razy. Dopiero 14 czerwca 1975 r. decyzją prezydenta miasta Słupska otrzymano lokalizację na Wzgórzu Maksymiliana. W październiku 1976 r. rozpoczęto budowę kościoła według projektu prof. inż. arch. Lecha Kadłubowskiego z Sopotu.
W ostatnią niedzielę czerwca 1977 r. na placu budowy odbyły się uroczystości jubileuszowe pięciolecia diecezji koszalińsko-kołobrzeskiej. Bp Ignacy Jeż w zaproszeniu na te uroczystości pisał: „Chcemy, by ten kościół był nie tylko miejscem świętym, ale by był równocześnie pomnikiem dla tych wszystkich kapłanów i świeckich, którzy w czasie ostatniej wojny oddali życie w imię obrony szczytnych haseł, jakimi na tych ziemiach przez wieki były słowa: «Bóg Ojczyzna»”.
Na placu budowy przy ołtarzu polowym 26 czerwca 1977 r. uroczystą Mszę św. sprawował prymas Polski kard. Stefan Wyszyński, w koncelebrze z biskupem częstochowskim oraz biskupami diecezji: gorzowskiej, opolskiej i szczecińsko-kamieńskiej, erygowanych przez papieża Pawła VI wspólnie z diecezją koszalińsko-kołobrzeską. Na placu budowy modliło się około 50 tys. wiernych. Wśród nich Franciszek Gajowniczek - człowiek, którego od śmierci uratował o. Maksymilian Maria Kolbe. Prymas Tysiąclecia poświęcił plac budowy i kamień węgielny pochodzący z Bazyliki św. Piotra w Rzymie.
Wmurowanie poświęconego kamienia węgielnego w ścianę budującej się świątyni dokonano pięć lat później, 27 czerwca 1982 r., podczas głównych uroczystości jubileuszowych 10-lecia diecezji koszalińsko-kołobrzeskiej. Tego dnia na placu budowy dziękczynną Eucharystię przy ołtarzu polowym sprawował metropolita krakowski kard. Franciszek Macharski w koncelebrze z biskupami Ziem Zachodnich i północnych Polski. Homilię wygłosił prymas Polski kard. Józef Glemp, który także dokonał aktu wmurowania kamienia węgielnego.
Słupski kościół św. Maksymiliana Marii Kolbego był w historii diecezji koszalińsko-kołobrzeskiej pierwszą nową świątynią wybudowaną od fundamentów. Budowa trwała dziesięć lat. Poświęcenia świątyni 22 grudnia 1985 r. dokonał bp Ignacy Jeż. Kościół wzniesiono w stylu nowoczesnym, namiotowym, jako dwupoziomowy - dolny i górny - o łącznych wymiarach 78 m długości, 33 m szerokości i 15 m wysokości. Wieża - 37 m zwieńczona krzyżem 5,5 m o rozpiętości ramion 3,6 m.
W nowej świątyni także w latach późniejszych odbywały się główne uroczystości, związane z kolejnymi jubileuszami diecezji koszalińsko-kołobrzeskiej. 28 czerwca 1997 r. świętowano srebrny jubileusz 25-lecia diecezji. Eucharystii dziękczynnej przewodniczył bp senior I. Jeż. Po Mszy św. w uroczystej procesji ulicami Słupska - z kościoła św. Maksymiliana Marii Kolbego do kościoła Mariackiego NMP Królowej Różańca Świętego - przeniesiono relikwie patrona diecezji św. Wojciecha BM.
W dniach 20-22 czerwca 2002 r. świętowano wspólne uroczystości związane z 25-leciem parafii, 30-leciem diecezji koszalińsko-kołobrzeskiej i 65-leciem kapłaństwa bp. I. Jeża. Przez kolejne trzy dni w godzinach wieczornych dostojny Jubilat przewodniczył koncelebrowanej Eucharystii. Po Mszy św. 22 czerwca wieczorem w uroczystej procesji ulicami Słupska - z kościoła św. Maksymiliana Marii Kolbego do kościoła Mariackiego - przeniesiono relikwie św. Maksymiliana Marii Kolbego, św. Jana Bosko i św. Dominika Savio oraz bł. Franciszki Siedliskiej.
Nie sposób wymienić wszystkie szczególne wydarzenia z okresu 35 lat. W ostatnim okresie wśród wielu ważnych wydarzeń, na uwagę zasługuje I Słupski „Marsz dla Życia” - w niedzielę 12 czerwca 2011 r. - zorganizowany przez słupską parafię św. Maksymiliana Marii Kolbego i słupski oddział Katolickiego Stowarzyszenia „Civitas Christiana”. Około dwa tysiące słupszczan przeszło ponad 3-km trasę od Wzgórza Maksymiliana aż na Stary Rynek w centrum słupskiego grodu. Za kilka tygodni, w końcu maja planowany jest kolejny II Słupski „Marsz dla Życia”.
Od 14 października 2010 r. proboszczem słupskiej parafii ustanowiony jest ks. mgr Lucjan Huszczonek, który zarazem jest dziekanem dekanatu Słupsk-Zachód. Wśród poprzednich proboszczów był m.in. w latach 2001-2007 ks. prał. dr Marian Subocz, obecnie dyrektor Caritas Polska.
Na podkreślenie zasługuje dobra współpraca Księdza Dziekana ze Słupskim Klubem Przyjaciół „Niedzieli”. Klub opiekuje się jedną z gablot przy kościele św. Maksymiliana Marii Kolbego. W gablocie tej eksponowane są fotografie z Tygodnika Katolickiego „Niedziela” z okresu ostatnich piętnastu lat.